ソ連崩壊によって誕生したCISであるが、加盟各国にとって(西側にとっても)最大の懸案は、各地に置かれた膨大な軍事施設、
戦略核、
弾道ミサイルであり、特に核戦力が
ベラルーシ、
ウクライナ、
カザフスタンによって大量に保管されていたことは脅威であったが、CISによってロシアが一括管理することが取り決められた。カザフスタンのICBM用核弾頭650発は
1995年4月に撤去。ベラルーシは核弾頭18発を1995年末、ICBM 18基を
1996年に撤去。ウクライナにはICBM 176基、戦略爆撃機46機、核弾頭は実に1592発を保有していたが、
第一次戦略兵器削減条約のリスボン議定書に基づいて、全てロシアの管理下におかれた。またカザフスタンに建設した
バイコヌール宇宙基地はロシアがカザフスタンに使用料を支払うこととした。